Em clínicas médicas, a emissão de Nota Fiscal de Serviços Eletrônica (NFS-e) não é apenas uma formalidade operacional: trata-se de uma obrigação legal que impacta a conformidade tributária, a relação com convênios e a credibilidade perante pacientes.
Embora muitos profissionais enxerguem o procedimento como burocrático, a adoção de uma rotina organizada de emissão de notas fiscais traz agilidade, segurança jurídica e transparência financeira.
Para ter acesso a tudo que você precisa saber sobre a emissão de notas fiscais em clínicas médicas, continue conosco e acompanhe este artigo até o final.
A obrigatoriedade da NFS-e em clínicas médicas
A Lei 8.846/1994 deixa claro que a emissão de “nota fiscal, recibo ou documento equivalente, relativo à prestação de serviços, deverá ser efetuada no momento da efetivação da operação”.
Veja o que diz o artigo 1º da referida lei:
“Art. 1º A emissão de nota fiscal, recibo ou documento equivalente, relativo à venda de mercadorias, prestação de serviços ou operações de alienação de bens móveis, deverá ser efetuada, para efeito da legislação do imposto sobre a renda e proventos de qualquer natureza, no momento da efetivação da operação.
1º O disposto neste artigo também alcança:
a) a locação de bens móveis e imóveis;
b) quaisquer outras transações realizadas com bens e serviços, praticadas por pessoas físicas ou jurídicas.”
Por sua vez, o artigo 2º da mesma lei, diz o seguinte:
“Art. 2º Caracteriza omissão de receita ou de rendimentos, inclusive ganhos de capital para efeito do imposto sobre a renda e proventos de qualquer natureza e das contribuições sociais, incidentes sobre o lucro e o faturamento, a falta de emissão da nota fiscal, recibo ou documento equivalente, no momento da efetivação das operações a que se refere o artigo anterior, bem como a sua emissão com valor inferior ao da operação.”
No caso das clínicas médicas, cada consulta, exame ou procedimento deve ser registrado por meio de NFS-e ou documento eletrônico equivalente.
A não emissão ou a emissão com valor abaixo daquele efetivamente cobrado configura omissão de receita, crime de sonegação fiscal e sujeita o estabelecimento a multas, juros e até ação penal, conforme estabelece o art. 2º da mesma legislação.
Além da lei federal, cada município regulamenta a NFS-e em seu portal, determinando:
- Os códigos de serviço aplicáveis (CNAE e lista de serviços do ISS);
- O prazo máximo para emissão (geralmente até o final do expediente ou no dia seguinte);
- A obrigatoriedade de certificado digital para assinatura;
- As regras de retenção ou substituição tributária, quando cabíveis.
Por que emitir nota fiscal traz benefícios imediatos
Embora algumas clínicas relutem em implementar a NFS-e, os ganhos são múltiplos:
1.Facilidade de reembolso: Pacientes que buscam ressarcimento junto a planos de saúde ou na declaração de Imposto de Renda exigem a nota fiscal como comprovante legítimo.
2.Gestão de caixa: O registro eletrônico automatiza o controle de contas a pagar e receber, permitindo acompanhar em tempo real quais notas foram pagas e quais estão em aberto, reduzindo esquecimentos e retrabalhos.
3.Transparência fiscal: em eventuais auditorias do fisco municipal, a clínica exibe o histórico de faturamento e o recolhimento de ISS, evitando autuações.
4.Melhoria do relacionamento: pacientes valorizam estabelecimentos organizados, que disponibilizam comprovantes claros e profissionais.
Documentação e pré-requisitos para iniciar a emissão
Antes de emitir qualquer nota, a clínica deve reunir:
- CNPJ e inscrição municipal ativos;
- Alvará de funcionamento e registro na Vigilância Sanitária;
- Certificado digital (nos municípios que exigem assinatura eletrônica);
- Login e senha do sistema de NFS-e oferecido pela prefeitura.
Em grande parte das cidades, o acesso ao sistema eletrônico é feito pelo portal da prefeitura, onde se cadastram os tomadores de serviço (pacientes, empresas, convênios) e se parametrizam os códigos fiscais.
Esse credenciamento, embora demore algumas horas ou dias para aprovação, é essencial para garantir a segurança e a autenticidade das notas.
Como funciona o fluxo de emissão de NFS-e
Veja como funciona o fluxo para emissão de uma nota fiscal de serviços em uma clínica médica:
1.Cadastro do tomador: No ambiente eletrônico, a clínica inclui, uma única vez, dados como nome completo ou razão social, CPF/CNPJ e endereço do cliente contratante dos serviços.
2.Registro da nota: No dia da prestação de serviços, o operador seleciona o tomador, escolhe o serviço adequado, informa data, valor e detalha no campo “Descrição do Serviço” o procedimento.
3.Assinatura e emissão: O sistema gera um arquivo XML e PDF, assinado digitalmente. A NFS-e eletrônica é transmitida imediatamente, e fica disponível para download.
5.Entrega ao paciente/convênio: Por e-mail ou impressão, a clínica fornece ao cliente a nota fiscal, conforme determina a legislação.
Por mais que possa parecer inicialmente complexo, a emissão de notas fiscais de serviços é bem simples, e pode ser realizada em questão de segundos, quando os dados do cliente já estão cadastrados.
Tributos incidentes e regimes tributários
De acordo com a legislação em vigor, sobre cada nota fiscal emitida, incidem impostos federais (IRPJ, CSLL, PIS, COFINS, CPP) e o ISS (imposto municipal).
Por sua vez, as alíquotas aplicáveis e o valor dos impostos devidos, dependerá de itens como o volume de faturamento da clínica e o regime tributário adotado, que pode ser o Simples Nacional, o Lucro Presumido ou o Lucro Real.
Para escolher o regime tributário mais econômico, e não pagar mais impostos que o necessário, contar com o suporte de uma contabilidade especializada é fundamental.
Conclusão
Emitir nota fiscal em clínica médica é muito mais do que cumprir uma exigência legal: é estruturar a operação para ganhar eficiência, evitar riscos de autuações e fortalecer a imagem junto a pacientes e convênios.
Com processos bem desenhados, sistemas integrados e o apoio de uma contabilidade especializada como a Five Consultant, sua clínica ganha conformidade fiscal, visibilidade financeira e foco no que importa — o atendimento de qualidade.
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